روزنامه فرهیختگان در یادداشتی پیام رهبر انقلاب درباره امضای تفاهمنامه را تحلیل کرده است. در بخشی از این یادداشت آمده است: پیام آیت الله سیدمجتبی خامنه ای درباره تفاهم نامه، شاید مهم تر از امضای آن متن و حتی مهم تر از آغاز و لحظه آتش بس جنگ باشد. پیام رهبری در قدم اول روشن کننده و شاخصی مهم در فهم نظر نفر اول حاکمیت بود و نشان داد مجوز امضای تفاهم نامه به صورت مشروط داده شده است.

پیام اخیر تسلط ایشان بر اوضاع را نشان داد و میزان صراحت و صداقت بالای پیام، وابسته به اعتمادبه نفس رهبریِ مسلط به امور است. نمی توان پیام رهبر انقلاب درباره تفاوت نظر را دست گرفت و از آن برای وحدت شکنی استفاده کرد. بی اعتمادی اگر هست که هست، به طرف دوم این تفاهم نامه یعنی آمریکاست.

رهبری مسئولین امر را دارای حسن نظر معرفی می کنند تا نسبت رهبری انقلاب با مسئولان را روشن کنند. پیام رهبری مردود کردن علنی دوگانه ای خطرناک بود که یک طرف آن متن تفاهم را عین نظر رهبری و طرف دیگر آن را تحمیل به رهبری معرفی می کرد. از موضع عقل انقلابی، آیت الله خامنه ای ابزار فشار به مذاکره کننده ایرانی را از دشمن آمریکایی گرفت.