مسجد سید اصفهان، بزرگ ترین مسجد قاجاری این شهر، به دستور آیت الله سیدمحمدباقر شفتی رشتی در محله بیدآباد ساخته شد. روایت ها آغاز ساخت آن را میان سال های 1180 تا 1245 هجری قمری دانسته اند؛ زمینی که پیش تر به همت اعتمادالدوله وزیر شاه سلطان حسین برای مسجد خریداری شده بود، اما در هجوم افغان ها بی سرانجام ماند.

شفتی با قطع درختان بید و فروش آن ها هزینه اولیه ساخت را فراهم کرد و بنایی عظیم در زمینی به وسعت 8075 مترمربع پدید آورد. این مسجد نیمه تمام، با دو شبستان وسیع، یک گنبد، سه ایوان، دو چهلستون، مهتابی ها، چهار ورودی و 45 حجره برای طلاب، جلوه ای شاخص از معماری مذهبی عصر قاجار است.

اگرچه تنها بخشی از کاشی کاری ها در زمان بانی به پایان رسید و تکمیل تدریجی آن به دست فرزند و نوادگانش ادامه یافت. بر اساس کتیبه ها، روند ساخت و تزیینات مسجد سید نزدیک به 130 سال به طول انجامید. چهار وقف نامه میان سال های 1262 تا 1273 قمری، تمامی فضاهای مسجد را به امور خاص اختصاص داد و مقبره شفتی و فرزندانش نیز در آن جای گرفت.

روایت مشهور دیگری از همان دوران نقل می شود که فتحعلی شاه خواستار مشارکت در ساخت مسجد شد، اما شفتی پاسخ داد: من دست در خزاین الهی دارم. ، همین جایگاه و اعتبار باعث شد این مسجد به نام بانی خود یعنی مسجد سید شهرت یابد.

اما در پیچ و خم مشکلات عدیده زیست محیطی نصف جهان، امروز این یادگار قاجاری و میراث مهم فرهنگی با خطری جدی مواجه است.

فرونشست زمین که از آن با نام زلزله خاموش اصفهان یاد می شود ترک هایی عمیق بر پیکر گنبد، طاق ها و ایوان های مسجد نشانده که نگرانی های بسیاری در پی داشته است.

کارشناسان هشدار داده اند که بی تفاوتی به این پدیده و تداوم تحمیل این فشار به پیکر بنا، می تواند این میراث ارزشمند و بخشی از هویت تاریخی و فرهنگی اصفهان را برای همیشه نابود کند.