ساخت هر فروند B-2 Spirit به دلایل مختلف از جمله فناوری های پنهان کاری، پژوهش و توسعه و تولید بسیار پیچیده، هزینه ای بیش از حدود 2٫1 میلیارد دلار آمریکا داشته است. این رقم شامل کل هزینه توسعه، مهندسی و پشتیبانی اولیه نیز می شود.

به همین دلیل هزینه ساعت پرواز B-2 Spirit بسیار بالاست و این شامل مواردی فراتر از فقط سوخت می شود. بر اساس داده های تحلیلگران هوافضا، هزینه عملیاتی هر ساعت پرواز این بمب افکن حدود 135,000 دلار آمریکا یا بیشتر تخمین زده می شود. رقمی که بسیار بالاتر از اغلب هواپیماهای دیگر در نیروی هوایی است.

بعضی منابع برآوردهایی حتی بالاتر تا حدود 150,000 دلار یا بیشتر در هر ساعت پرواز را نیز گزارش داده اند اما این برآوردها بسته به روش محاسبه و گنجاندن یا حذف برخی هزینه ها متفاوت هستند.

چند عامل اصلی باعث می شود که B-2 در هر ساعت پرواز اینقدر گران باشد که برخی از آن ها در زیر فهرست شده اند.