درمان با پیوند مدفوع (FMT) یک روش پزشکی نوین است که در آن مدفوع سالم از یک فرد اهداکننده به روده بیمار منتقل می شود تا فلور طبیعی روده بازیابی شود.

این درمان عمدتاً برای بیماران مبتلا به عفونت های مقاوم به آنتی بیوتیک، به ویژه کلستریدیوم دیفیسیل (C. difficile) به کار می رود و نتایج نشان داده اند که در بسیاری از موارد باعث بهبود سریع علائم اسهال شدید و التهاب روده می شود.

فرآیند پیوند می تواند از طریق کولونوسکوپی، اندوسکوپی یا کپسول های خوراکی انجام شود و هدف آن بازگرداندن تعادل میکروبیوم روده و جلوگیری از عود بیماری است. تحقیقات اخیر همچنین نشان می دهند که این روش ممکن است در آینده در اختلالات گوارشی مزمن، چاقی، دیابت و حتی برخی بیماری های روانی نیز کاربرد داشته باشد، اگرچه مطالعات بیشتری برای اثبات اثرات طولانی مدت آن لازم است.