پیمان حدادی مدیرعامل پرسپولیس، محسن خلیلی مهاجم سرشناس و پیشین سرخپوشان را به صورت رسمی به عنوان معاون ورزشی این باشگاه منصوب کرد. این انتخاب در پی بررسی گزینه های مختلف و اخذ برنامه سه ساله انجام شد.

محسن خلیلی در کنار سابقه قهرمانی در لیگ برتر و جام حذفی با پرسپولیس به عنوان بازیکن در عرصه های مدیریتی و اجرایی نیز در این باشگاه مشغول به کار بوده است. او فصل 1387-1386 حضور درخشانی در پرسپولیس داشت. عنوان آقای گلی را به صورت مشترک از آن خود کرد و در بازی پایانی این فصل، گل حساسی را به ثمر رساند که در یکی از دراماتیک ترین قهرمانی های پرسپولیس نقش بسزایی را ایفا کرد.

محسن خلیلی با گلزنی در هر دو دیدار رفت و برگشت داربی همان فصل، محبوبیت بالایی کسب کرد و لقب به یادماندنی محسن رفت و برگشت را از آن خود کرد.

خلیلی در فینال جام حذفی 1389-1388 نیز موفق به گلزنی شد. این گل که با قهرمانی پرسپولیس همراه بود، آخرین گل او برای سرخپوشان لقب گرفت.

خلیلی حدود 8 سال پس از جدایی در قامت مدیر تیم به پرسپولیس بازگشت و در فعالیت های اجرایی فوتبال نیز سمت هایی را بر عهده داشت.

با کناره گیری محمد انصاری از سمت معاونت ورزشی پرسپولیس، او قرار است به عنوان مشاور مدیرعامل به همکاری خود با این باشگاه ادامه دهد.