گسل قم زفره از گسل های ایران مرکزی است که روند شمال غربی جنوب شرقی دارد. نقشه های زمین شناسی گسل زفره را ادامه گسل تبریز نشان می دهند که از 2 کیلومتری غرب شهرستان نطنز گذشته و تا جنوب زفره ادامه می یابد، ولی تصور می شود تا باتلاق گاوخونی ادامه داشته باشد.

این گسل راست گرد قائم تا نزدیک به قائم است که به سمت شرق خوابیدگی دارد و در ناحیه نطنز سنگ های کرتاسه را به میزان دو کیلومتر جابه جا کرده است. به باور برخی از زمین شناسان، این گسل و گسل های موازی آن (گسل کاشان، گسل غرب اردستان، گسل ساوه) در پیدایش سنگ های آتشفشانی نوار ارومیه بزمان نقش مؤثری داشته اند.