وحید محمود قره باغ؛ جوان که در مقابل خواجه زانو زده بود درخواست کرد تا پیام خود را برساند. خواجه نزدیک شد و با گذاشتن دستش بر روی شانه جوان از او خواست تا بلند شده و پیامش را برساند. جوان بلند شد و دشنه ای از زیر لباسش بیرون کشید و در حالی که با صدای بلند می گفت پیام من این است دشنه را بر تن خواجه نشاند و خواجه به دنبال همین سو قصد کشته شد. در حقیقت ماجرا به زمانی برمی گشت که وزیر اعظم حاضر نبود که عقیده و سیاستش را در خصوص اسماعیلیان تغییر دهد و همین عقاید نیز منشا انتقام باطنیان و یا به عبارتی دقیق تر فرقه ای از آن ها به نام حشاشین از او شد.

در واقع با اینکه در گذشته روابط خوبی بین خواجه و حسن صباح برقرار بود و حتی به کمک خواجه، حسن صباح به حکومت سلجوقیان نیز نزدیک شده بود ولی در ادامه رابطه بین این دو تیره و تار شد و حسن صباح از خواجه فاصله گرفته و در مقابل او قرار گرفت. اینکه چرا اختلافی بین این دو به وجود آمد، اطلاعات خاصی در تاریخ ثبت نشده است. بله، خواجه نظام الملک کسی که وزیر دو تن از فرمانروایان سلجوقی، یعنی آلپ ارسلان و ملکشاه یکم بود با درایت توانست سال ها به جایگاه وزیر اعظمی تکیه کند.

با اینکه خواجه اوضاع سرزمین های سلجوقی پس از مرگ آلپ ارسلان را بهبود بخشید ولی با ظهور فداییان و اسماعیلیان در نواحی مختلف، این روند شکل دیگری به خود گرفت. امری که موجب تنش و درگیری فی ما بین سلجوقیان و اسماعیلیان در سال های متمادی شد. در یکی از همین جنگ ها اسماعیلیان موفق به شکست سلجوقیان شدند؛ با اینکه حکومت در صدد حمله دیگر و قوی تری بود ولی ملکشاه و نظام الملک در همان سال به قتل رسیده و این مهم بی نتیجه ماند.

گفتنی است یکی از بارزترین سیاست های خواجه تشکیل مدارسی در سراسر سرزمین های سلجوقی بود، مدرسه هایی که به نام خود او یعنی نظامیه شهرت داشت و بزرگترین آن در شهر بغداد بود؛ همچنین اثر سیاست نامه نیز متعلق به این شخصیت است. خواجه نه تنها وزیر آلپ ارسلان بلکه معلم ولیعهد خردسالش یعنی ملکشاه بود و پس از آلپ ارسلان، ملکشاه را که یک نوجوان بود به جایگاه شاهی رساند و خود نیز اداره امور را در کوران حوادث و مسائل عدیده ای به دست گرفت.

در نهایت پس از اختلافاتی که بین خواجه و ملکشاه در اواخر حکومت رخداد، عاقبت خواجه عزل شده و به دنبال آن نیز توسط اسماعیلیان الموت به قتل رسید. در واقع شخصی که لباس صوفیان بر تن کرده بود و در ظاهر قصد دادخواهی برای مطالبه گوسفندانش را داشت با ضربات متعدد دشنه بر سینه و پیکر خواجه او را زخمی کرد و بر اثر همین سو قصد، جان سپرد. قریب به یک ماه پس از مرگ خواجه، ملکشاه نیز از دنیا رفت. مطابق برخی اسناد در تاریخ، او به دست مریدان خواجه و با زهر به قتل رسید. هر چند برخی نیز خلیفه عباسی را در پس پرده مرگ ملکشاه می دانند. همچنین بعضی از مورخان نیز قتل خواجه را به دربار و خصوصا وزیر سلجوقی نسبت می دهند که با خواجه دشمنی دیرینه داشت و با سیاست این قتل را به اسماعیلیان و یا به اصطلاح حشاشین مرتبط کرد.