دبیر شورایعالی امنیت ملی با صدور حکمی، علی باقری کنی را به عنوان معاون بین الملل دبیرخانه این نهاد منصوب کرد. علی باقری در فاصله سال های 1400 تا 1403 معاون سیاسی وزارت امور خارجه و پس از شهادت حسین امیرعبدالهیان در جریان سانحه سقوط بالگرد حامل رییس جمهور، از 31 اردیبهشت تا 31 مرداد سرپرست این وزارتخانه بود.

به گزارش هم میهن، او از 10 شهریور 1403 با حکم مقام رهبری عضو شورای راهبردی روابط خارجی و 24 شهریور جایگزین عراقچی و دبیر این شورا شد. او 19 شهریور با حکم وزیر، به عنوان مشاور عراقچی نیز منصوب شد. او در سال 1398 تا 1400 معاون امور بین الملل رییس قوه قضاییه و دبیر ستاد حقوق بشر این قوه نیز بود و پس از آن به وزارت امور خارجه برگشت.

علی باقری فرزند محمدباقر باقری کنی نماینده ادوار مجلس خبرگان، برادرزاده مرحوم محمدرضا مهدوی کنی چهره شاخص اصولگراست. او که فارغ التحصیل دانشگاه امام صادق است، سال های طولانی به عنوان یکی از نزدیکان و معتمدان سعید جلیلی شناخته می شد و در دولت احمدی نژاد کار مدیریتی خود را با او آغاز کرد. او در دوران معاونت سعید جلیلی در وزارت امور خارجه، مدیرکل اروپای مرکزی این معاونت بود.

سال 1386 نیز زمانی که جلیلی جایگزین لاریجانی شد، تا سال 1387 به جای او سرپرست معاونت اروپا و آمریکای وزارت امور خارجه شد. در سال 1387 به دبیرخانه رفت و در همین جایگاهی که روز گذشته حکمش را از لاریجانی گرفت، مشغول به کار شد. علی باقری تا سال 1392 معاون جلیلی در دبیرخانه و مذاکره کننده ارشد در پرونده هسته ای بود. نقطه اوج جایگاه باقری در حلقه جلیلی را باید در سال 1392 و زمانی دید که او نامزد انتخابات ریاست جمهوری شد. سعید جلیلی در جریان انتخابات یازدهم ریاست جمهوری، باقری را به عنوان رییس ستاد انتخاباتی خود منصوب کرد.

باقری در دوران ریاست جمهوری حسن روحانی، به عنوان مذاکره کننده ارشد دوران جلیلی و همپای او، یکی از جدی ترین منتقدین سیاست خارجی این دولت به خصوص در دوره چهارساله اول، مذاکرات برجام و بعد از آن بود. او 5 دی 1396 در ششمین سالگرد شهادت مصطفی احمدی روشن، در دانشگاه شریف گفته بود: هرچند برخی دستاوردهای هسته ای ملت ایران را با بتن منهدم کردند، اما خون شهدای هسته‎ای همچنان در رگ های جوانان مؤمن، خلاق و انقلابی ایران اسلامی در جریان است و هیچ بتن کاری نمی تواند شور و نشاط برای پیشرفت را از جوانان ایرانی سلب کند.

دو سال بعد علی باقری معاون سیاسی وزیر امور خارجه و مسئول پرونده هسته ای شد. به طور دقیق مشخص نیست که چه اتفاقاتی پس از آن رخ داد که علی باقری از آنچه بود، به مدافع توافق هسته ای تبدیل شد. تا جایی که چند ماه قبل در مصاحبه امیرحسین ثابتی، نماینده مجلس و از نزدیکان سعید جلیلی با خبرگزاری دانشجو، او این موضوع را مطرح کرد: در ماجرای برجام نظر علی باقری خیلی عوض شد. علی باقری با جلیلی اختلاف بر سر برجام پیدا کرده اند. تغییری که مشخص نیست به چه صورت رخ داد.

در نهایت علی باقری در دوران سیدابراهیم رییسی دو بار تا امضای توافق هسته ای پیش رفت اما هر بار این توافق به دلایل داخلی و خارجی امضا نشد. برخی معتقدند این تغییر نظر به خاطر روبه رو شدن علی باقری با واقعیت های حوزه سیاست خارجی و وضعیت کشور رخ داد.

جالب توجه ترین موضع باقری درباره توافق هسته ای، به تیرماه 1403 و سخنرانی او در نشست با موضوع همکاری چندجانبه در شورای امنیت سازمان ملل برمی گشت: جمهوری اسلامی ایران همواره پایبندی خود به چندجانبه گرایی را نشان داده است که نمونه بارز آن مشارکت سازنده در انعقاد برجام است. برجام به عنوان یک ابتکار موفق چندجانبه توانست یکی از موضوعات غیرضروری و یک نگرانی ساختگی از سوی کشورهای غربی در خصوص برنامه صلح آمیز هسته ای ایران مورد توجه قرار دهد و قرار بود تحریم های ظالمانه را از دوش ملت ایران بردارد. متاسفانه این روند چندجانبه با رویکرد غرب و یکجانبه آمریکا با چالش جدی مواجه شد. خروج یکجانبه آمریکا از توافق یکی از مظاهر یکجانبه گرایی در عرصه بین المللی است که موجب آسیب دیدن به همه طرف های توافق گردید.