چهار پسر آیت الله شهید سیدعلی خامنه ای شامل سید مجتبی، سید مصطفی، سید مسعود و سید میثم، هر یک با یکی از خانواده های شناخته شده کشور وصلت کردند. آیت الله سید مجتبی خامنه ای با شهیده زهرا حدادعادل، دختر غلامعلی حدادعادل، ازدواج کرده بود. سید مصطفی خامنه ای نیز داماد آیت الله عزیزالله خوشوقت، از استادان برجسته حوزه علمیه، است.

سید میثم خامنه ای با دختر محمود لولاچیان، از بازاریان شناخته شده و مذهبی تهران، ازدواج کرده و سید مسعود خامنه ای نیز همسر سوسن خرازی، دختر آیت الله محسن خرازی، از استادان حوزه علمیه قم، است. آیت الله محسن خرازی برادر کمال خرازی، وزیر پیشین امور خارجه، و عموی سیدمحمدصادق خرازی، دیپلمات و سیاستمدار ایرانی، به شمار می رود.